Lange währt die Ruhe für die Sailorkriegerinnen nicht, denn eines Tages fällt ein kleines Mädchen buchstäblich vom Himmel, und
zwar direkt auf Bunny und in Mamorus Arme. Die Kleine behauptet nicht nur, auch Bunny zu heißen, sondern bedroht Bunny auch gleich
mit einer Pistole und will von ihr den Heiligen Silberkristall. Zum Glück handelt es sich bei der Waffe nur um eine Spielzeugpistole, doch bevor Bunny oder Mamoru sie auch nur fragen können, woher sie überhaupt von dem Silberkristall weiß, ist die Kleine auch schon
verschwunden. Allerdings nicht für lange, denn Chibiusa (= "Klein-Bunny") quartiert sich zu Hause bei Bunny ein. Wie sich später herausstellt, benutzt sie Luna-Pe, ihr Verwandlungsspielzeug, um Bunnys Familie zu
hypnotisieren und sie so davon zu überzeugen, daß sie Bunnys kleine Kusine ist. Wie Chibiusa das geschafft hat, ist für Bunny in diesem Augenblick aber auch nur von zweitrangiger Bedeutung,
da sie von nun an höllisch aufpassen muß, denn Chibiusa spioniert ihr nach (und ärgert sie), wo sie nur kann. Mit Mamoru hingegen
versteht sich die Kleine prächtig (etwas zu prächtig in Bunnys Augen), und auch Ami, Rei, Minako und Makoto finden auch nicht, daß Chibiusa so schlimm ist, wie Bunny es immer behauptet. Inzwischen erscheinen aber
zusätzlich noch neue Gegner auf der Bildfläche, die das Chaos
komplettieren: Rubeus und die vier "Schwestern des Bösen" Kermesite, Bertierite, Cavalerite und Petzite tauchen mit einem
Raumschiff aus der Zukunft auf. Ihr Volk, daß vom "Schwarzen Mond" - dem Planeten Nemesis - stammt, hat versucht, die zukünftige Hauptstadt der Erde, Kristall-Tokio, zu erobern, wurde aber von den Sailorkriegerinnen, die diese Stadt verteidigen, vor den Toren des Palastes aufgehalten. Um sich aus diesem Patt zu befreien, wurden Rubeus und die Schwestern
des Bösen von Prinz Diamond, dem Oberhaupt der Familie des Schwarzen Mondes, in die Vergangenheit geschickt, um die Entstehung der zukünftigen Hauptstadt schon im Ansatz zu verhindern. Hierzu müssen sie bestimmte
Entstehungsorte dieser Stadt mit ihrer "Schwarzen Macht" erfüllen. Außerdem ist es ihr Auftrag, den Heiligen Silberkristall zu finden und zu vernichten und Chibiusa zu töten, denn diese ist die Tochter der Königin von
Kristall -Tokio und die einzige, der die Flucht gelungen ist. Nach
und nach müssen die vier Schwestern des Bösen jedoch durch bittere Erfahrungen einsehen, daß ihrer Heimatwelt die Menschlichkeit der Erdbewohner fehlt, und so wechseln sie schließlich eine nach der anderen die Seiten:
Mit Hilfe des Silberkristalls befreit Sailor Moon sie von der Schwarzen Macht und verwandelt sie in ganz normale Frauen.
Dummerweise beobachtet Chibiusa Sailor Moon nicht nur dabei, wie sie den Silberkristall benutzt, sondern kann auch sehen,
wie sich die Sailorkriegerinnen verwandeln; somit kennt sie deren wahre Identitäten. Daraufhin stiehlt sie Bunnys Brosche mit dem Silberkristall, um damit ihrer Mutter zu helfen. Doch als sie in die Zukunft zurückkehren will, wird sie von Rubeus entdeckt. Sailor
Merkur, Sailor Mars, Sailor Jupiter und Sailor Venus können zwar durch die Vereinigung ihrer Kräfte verhindern, daß Chibiusa von ihm getötet wird, werden aber selber gefangen genommen. Rubeus stellt ein Ultimatum: Er verlangt die
Übergabe von Silberkristall und Chibiusa. Bunny erhällt ihre Brosche von Chibiusa zurück und will alleine gegen Rubeus antreten, doch Chibiusa folgt ihr heimlich, und so gelangen beide in Rubeus Raumschiff. Mit Hilfe von Chibiusa kann
Sailor Moon Rubeus besiegen und die Sailorkriegerinnen befreien. Rubeus kommt bei der Explosion seines Raumschiffes um, weil
Esmeraude ihm die Hilfe verweigert. Diese übernimmt nach Rubeus´ Ableben seinen Posten. Mit Hilfe von Statuen, die Saphir, der jüngere Bruder von Prinz Diamond, für sie anfertigt, versucht sie, negative Energie, die an einigen Plätzen Tokios ausströmt,
anzuzapfen. Mit Hilfe des Schwarzen Kristalls, der Quelle der Schwarzen Macht, will sie diese negative Energie dann so weit
verstärken, daß Kristall-Tokios Entstehung unmöglich werden würde. Nachdem Esmeraudes Pläne immer wieder gescheitert sind, gewinnt Chibiusa immer mehr Vertrauen in Sailor Moons Stärke und bittet sie schließlich, mit ihr in die Zukunft zu gehen. Dort erfahren die Sailorkrieger und Tuxedo Mask die Ereignisse
der Zukunft: Sailor Moon selbst ist die zukünftige Königin der Stadt. Sie und Mamoru regieren als Königin Serenity und König Endymion,
haben also die Namen aus der Zeit des Mondkönigreiches wieder angenommen, weshalb Bunny und Mamoru auch nicht von Chibiusa als deren Eltern erkannt worden sind. Mit Hilfe des Heiligen
Silberkristalls besiegte Königin Serenity das Böse, und diejenigen, die sich nicht der reinigenden Kraft des Silberkristalls ergeben wollten,
flohen auf den dunklen Planeten Nemesis. Dort gelangten sie in Besitz des Schwarzen Kristalls und worden dadurch um ein vielfaches stärker - stark genug, um Kristall-Tokio anzugreifen. Und ausgerechnet zu diesem Zeitpunkt ist der
Heilige Silberkristall auf rätselhafte Weise nicht auffindbar. Als Königin Serenity angegriffen wird, können die zukünftigen Sailorkrieger Mars, Merkur, Jupiter und Venus sie gerade noch rechtzeitig in einen schützenden Kristall einhüllen und den gesamten Palast mit einer Barriere umgeben. Sailor Pluto, die die
Sailorkrieger auf ihrem Weg in die Zukunft bereits getroffen haben, schickt Chibiusa in die Vergangenheit, um dort den Heiligen Silberkristall zu suchen, um mit ihm Königin Serenity aus ihrem Schlaf im Kristall zu
erwecken und somit die Welt der Zukunft zu retten. Die Sailorkrieger bräuchtenj etzt etwas Zeit, um alles zu verarbeiten, doch ihre Ankunft in der Zukunft ist beobachtet worden, und so
wird Sailor Moon von Prinz Diamond entführt. Dieser hat sich in die zukünftige Königin Serenity verliebt und versucht nun, Bunny durch Hypnose für sich zu gewinnen. Während Bunny von Tuxedo Mask befreit wird, quälen Chibiusa
Gewissensbisse. Sie hatte den Silberkristall genommen, um zu beweisen, daß sie schon erwachsen ist und genau wie ihre Mutter damit umgehen kann. Doch als sie den Silberkristall in den Händen hielt, ist er einfach verschwunden.
Der "Erleuchtete", der Berater von Prinz Diamond, erkennt die Zweifel und Ängste in Chibiusa und verspricht ihr seine Hilfe.
Stattdessen suggeriert er ihr, daß niemand sie lieben würde - selbst ihre Eltern nicht - und verwandelt sie mit Hilfe des Schwarzen
Kristalls in "Black Lady". Außerdem nutzt er Esmeraudes Liebe zu
Prinz Diamond und ihre Eifersucht gegenüber Sailor Moon aus und verwandelt sie in einen Drachen, den Sailor Moon und die anderen
Krieger jedoch besiegen können. Sailor Pluto teilt den Sailorkriegern mit, daß Diamond und Chibiusa in die Vergangenheit gereist sind, woraufhin Sailor Moon und die anderen ebenfalls zurückkehren. Saphir argwöhnt, daß
der Erleuchtete eigene Pläne hat und sie alle nur benutzt, doch kurz bevor er das seinem Bruder Diamond mitteilen kann, wird er vom
Erleuchteten als angeblicher Verräter getötet. Sailor Moon kann dies zwar nicht verhindern, aber in einem späteren Gespräch mit Sailor Moon erkennt Prinz Diamond, daß sein Haß gegen die
Bewohner der Erde unbegründet ist und daß auch er nur vom Erleuchteten manipuliert wurde. Daraufhin opfert er sich für Sailor Moon. Inzwischen öffnet Black Lady einen Korridor, durch den sie die gesamte
Schwarze Macht schicken und in sich aufnehmen will. Als eine Art lebende Bombe will sie dann sich und die ganze Welt vernichten,
denn das ist das wahre Ziel des Erleuchteten, der sich nun als "Phantom des Todes" zu erkennen gibt. Als Black Lady jedoch sieht, wie sich Sailor Moon und die anderen in Gefahr begeben, um sie zu retten, erkennt sie, daß sie
doch geliebt wird, und verwandelt sich in Chibiusa zurück. Sailor Moon benutzt die Kraft ihres Silberkristalls, um das Phantom des Todes, das nun den Plan selbst zu Ende bringen will, zu stoppen. Doch die Kraft des Schwarzen Kristalls scheint zu groß. Chibiusa weint, und aus einer ihrer Tränen materialisiert sich ein zweiter
Silberkristall - der zukünftige Silberkristall, der sich die ganze Zeit über in Chibiusas Innerem verborgen hatte. Der vereinten Kraft dieser Kristalle kann das Phantom des Todes nichts entgegensetzen, und so verschwinden es
und der Schwarze Kristall für immer. Nachdem nun alles wieder in
Ordnung ist, kehrt Chibiusa, obwohl ihr die Trennung von Bunny und den anderen schwer fällt, wieder zu ihren Eltern in die Zukunft zurück.